- 다운로드 주소는 다음과 같습니다.
※ 본 페이지는 http://gephi.org/users/quick-start/ 를 단순히 번역한 것에 지나지 않습니다.
시작하기 전에, Sample data가 필요합니다. LesMiserable
다운받으신 후엔, File->Open을 통해 열 수 있습니다.
- 다음과 같은 창이 뜰 것입니다.
OK를 클릭합니다.
제대로 로딩되었다면, 메인화면의 [Graph]탭에 다음과 같은 그래프가 보일 것 입니다.
※ 참고로, 초기 Node의 위치는 랜덤하게 주어집니다.
- 마우스의 휠을 이용해서 Zoom-in 과 Zoom-out을 할 수 있습니다.
- 마우스의 오른쪽 버튼을 이용해서 그래프를 이동시킬 수 있습니다.
- 아래쪽의 슬라이더를 이용해서 링크의 굵기를 조절할 수 있습니다.
- 만약 그래프의 위치를 찾을 수 없으면, [Center On Graph]를 클릭하세요. 일반적으로 그래프의 좌측에 있습니다.
- 이제 그래프의 레이아웃을 정하기 위해서, 좌측의 Layout탭에서 [Force Atlas]를 선택하시고 [Run]을 클릭하세요.
ForceAtlas는 간단히 말해서, '링크된 노드끼리 잡아당기고, 링크되지 않은 노드끼리는 밀어내는' 알고리즘을 사용해서 노드들을 배치하는 것입니다. Scale-Free에서는 일반적으로 hub들이 가운데쪽으로 몰리겠죠.
너무 가까이 붙어있으므로, 좀 거리를 만듭시다. 아래 옵션의 [Repulsion strength]를 10000으로 고쳐줍니다.
다음과 유사하게 노드들이 배치됩니다. 여기까지 왔으면 ForceAtlas 알고리즘은 [Stop]해 줍시다.
- 이제 노드들을 분류해봅시다.
좌측의 [Ranking] 모듈에서 [degree]를 선택해 줍니다.
※ 만약 [Ranking]모듈이 보이지 않는다면, 메뉴의 [Window]->[Ranking]을 클릭하시면 됩니다.
제대로 되었다면 다음과 같은 그림을 보실 수 있을 것 입니다.
Apply를 클릭합니다. 그러면 일단 Degree에 따라 색이 지정될 것입니다.
색을 바꾸고 싶다면, Color 오른쪽의 bar를 클릭해서 색을 직접 지정해 줄 수 있습니다.
※ 아래쪽 spline 버튼을 통해 좀 더 섬세하게 조작할 수 있습니다.
spline아래쪽의 result table 버튼을 누르면 다음과 같은 화면이 나옵니다.
※ data가 출력되지 않는다면 다시 [Apply]버튼을 눌러주세요.
- 이제 네트워크의 메트릭들을 계산해 봅시다.
우측의 Statistics탭을 보면 다음과 같습니다. (역시 존재하지 않는다면, [Windows]->[Statistics]를 통해 활성화시키면 됩니다.)
위의 그림처럼, Average Path Length의 Run버튼을 눌러봅시다.
그러면 다음과 같은 창이 뜹니다.
Directed를 선택한 뒤 OK를 클릭합시다.
제대로 되었다면, 위와 같은 result report창이 뜹니다.
※ 그 밖에도, Statistics탭에서는 여러가지 상수들을 손쉽게 계산할 수 있습니다.
- 이제, 크기에 따라서 노드를 재분류하는 법에 대해서 알아봅시다.
※ 위의 과정들을 제대로 하지 않았다면, 탭에 아래에 사용하는 분류방식이 등장하지 않을 수 있습니다.
Ranking으로 돌아가서, Betweeness Centrality를 선택합니다. (위의 과정을 제대로 진행하였음에도 불구하고 아래쪽과 같지 않다면, Edges를 한 번 클릭해주고 Nodes로 돌아오면 제대로 될 가능성이 있습니다.)
※ Betweeness Centrality에 의해서는 일반적으로 '네트워크 내의 영향력순'으로 랭크가 매겨집니다.
이제, 위의 다이아몬드 모양(size 버튼)을 누릅니다.
그리고 [Apply]버튼을 클릭하시면, Betweeness Centrality에 따라서 size가 결정되어 표시됩니다.
Min size와 Max size값을 적당히 보기좋게 결정해 봅시다.
제대로 되었다면, 다음과 유사한 모양이 됩니다.
- 그러나 위의 그래프를 보면, 큰 노드가 작은 노드와 너무 가까이 있거나 덮어버려서 좋지 않습니다.
저 위에서 사용했던 [Force Atlas]에는 노드의 크기도 고려해서 배열하는 옵션이 존재합니다.
Layout panel로 돌아가서, [Adjust by Sizes]를 클릭하고 [Run]을 눌러 실행시킵니다.
더 이상 노드들이 겹쳐지지 않음을 확인할 수 있습니다.
- 라벨을 보이게 해 봅시다.
그래프 아래쪽의 [Show Node Labels]버튼을 클릭합니다.
그리고 우측의 [Size mode]를 클릭해서, [Node size]를 선택합니다.
(위의 화살표는 [Color mode]를 가리키고 있습니다. 좌측에 있는 A가 [Size mode]입니다.)
그리고 슬라이더를 적절히 조절해서 크기를 결정합니다.
제대로 되었다면 다음과 같은 모양이 될 것 입니다.
- 커뮤니티Community를 직접 찾아내는 기능도 지원하고 있습니다. Gephi에서는 Louvain method를 사용하여 분류합니다.
우측의 Statistic패널에서 [Modularity]를 찾아서 [run]을 클릭합니다.
Randomize에 체크한 뒤 OK를 클릭하시면 Modularity와 커뮤니티의 갯수를 자동으로 찾아줍니다.
- 위의 작업을 진행했다면, 시스템은 자동으로 "Modularity Class"를 만들었을 것 입니다.
이렇게 만들어진 클래스는 보기좋게 색으로 분류할 수 있습니다.
새로운 변화를 반영하기 위해서 좌측의 Partition패널에서 [Refresh]를 클릭합니다.
partition list에서 Modularity Class 를 선택합니다.
제대로 되었다면 위와 같이 9개의 커뮤니티가 찾아졌을 것 입니다. 초기 색은 무작위로 지정되며, [Apply]를 클릭하면 색이 적용됩니다. 무작위로 색을 바꾸고 싶다면 패널의 아무 곳이나 우클릭 한 후 [Randomize colors]를 선택하시면 됩니다.
이제 네트워크는 위와 흡사한 모양일 것입니다.
Gephi에서는 여러 가지 기준을 사용해 node를 나누는 필터링 기능을 지원하고 있습니다.
우측의 [Filter] 모듈을 확인합시다.
시험삼아 [Degree Range]와 하위메뉴 [Topology]를 선택합시다.
[Degree Range]를 드래그하여 [Queries] 부분으로 옮깁니다. Queries는 [Drag filter here]가 있는 부분입니다.
그러면 아래와 같이 Queries의 하위메뉴가 됩니다.
이제 Queries의 Degree Range를 클릭하시면, 여러 가지 옵션을 확인하실 수 있습니다.
슬라이더를 옮겨서 하한을 2로 만들고 [Filter]버튼을 클릭합니다.
그러면 이제 아래와 같이 2보다 도수가 작은 노드는 보이지 않습니다.
- 그래프를 SVG나 PDF파일로 저장하기 전에, 마지막으로 정확히 그래프의 모양을 조정하기 위하여 미리보기preview 기능을 사용해 봅시다.
위쪽 배너의 Preview버튼을 클릭합시다.
최초에는 아무것도 보이지 않을 수 있습니다.
그러면 다음과 같이 좌측의 [Refresh]버튼을 클릭해 줍니다.
라벨을 보이게 하기 위하여, 좌측의 [Node] 하위메뉴의 [Show labels]에 체크하고 [Refresh]해 줍니다.
※ 이 외에도 미리보기 내부에서 많은 옵션들을 사용하여 그래프의 특징들을 보이게 하거나 감출 수 있습니다.
위까지 잘 따라오셨다면 다음과 같은 화면을 보실 수 있습니다.
이제 그래프를 저장하기 위하여, [Refresh]버튼의 좌측에 있는 Export: [SVG] 버튼을 클릭합니다.
※ SVG파일 포맷은 PDF파일과 마찬가지로 vectorial graphic입니다. 따라서 그림이 크기에 민감하지 않고, 파일크기의 큰 부담 없이 높은 해상도를 유지할 수 있습니다. Illusterator를 사용하신 분이라면 쉽게 이해하실 수 있을 것 입니다.
- 이제 지금까지의 작업들을 저장해 봅시다.
타 프로그램과 크게 다를 것 없이, [File]탭 내부의 [Save]를 클릭하시면 됩니다.
(페이지의 끝 입니다.)
